НИР на тему: «Адаптация биоинформатических и программных алгоритмов по селекции неоантигенов для применения в соответствии с индивидуальным медицинским…

₽ 1-й этап Расширение программного кода дополнительными аналитическими модулями с интеграцией в ПО, обеспечивающими проведение дополнительных типов анализов с использованием генетических и транскриптомных данных 1-й этап Оптимизация программного конвейера в целях адаптации ПО для работы с данными пациентов с колоректальным раком, раком почки, немелкоклеточным раком легкого и раком молочной железы, а также с данными соответствующих релевантных животных моделях. 1-й этап Проведение исследования и интеграции в ПО базового функционала клинико-диагностического дашборда на основе данных, получаемых по результатам работы программного конвейера 1-й этап Тестирование альтернативных инструментов поиска неоэпитопов 1-й этап Доработка механизма загрузки исходных данных секвенирования с привязкой к уникальному номеру пациента и указанием соответствующих геномных данных 1-й этап Сырые данные полноэкзомного секвенирования нормальной ткани и опухоли (80 образцов) с покрытием не менее 200x. Секвенирование должно быть проведено в формате парных прочтений с минимальной длиной прочтения 100 нуклеотидов. 1-й этап Сырые данные транскриптомного мРНК-секвенирования (65 образцов) - не менее 10 Гб. Секвенирование должно быть проведено в формате парных прочтений с минимальной длиной прочтения 100 нуклеотидов. 1-й этап Перечень неоантигенов и последовательности в форме мРНК для исследования их эффективности на сингенной мышиной животной модели Заказчика 828,67